Bukidnon nằm ở cao nguyên nội địa ở trung bắc Midanao. Tỉnh lỵ Malaybalay cách vịnh Manila 850 km theo đường thẳng và cách thành phố Cagayan de Oro 91 dường bộ. Núi Kitanglad là ngọn núi cao nhất tỉnh với độ cao lên tới 2.955 m so với mực nước biển. Sông Pulangi chảy suốt từđông bắc đến pơhần phía nam của tỉnh.

Tổng diện tích mặt đất của tỉnh là 8.293,78 km², chiếm 59% của toàn vùng Bắc Mindanao. Tỉnh có 80% hay 34 triệu tấn khoáng sản của cả vùng như đất sét, vàng, cromit, đồng, serpentine, mangan, thạch anh và đá vôi.

Có sự khác biệt về khí hậu giữa khu vực phía bắc và phía nam của tỉnh. Phía bắc mưa khá nhiều nhưng tương đối khô hạn từ tháng 11 đến tháng 5, còn phần phía nam của tỉnh không có mùa khô. Nơi khô hạn nhất là Baungon còn nơi ẩm ướt nhất là cao nguyên Calabugao. Xét cả năm thì thời tiết tương đối mát mẻ và ẩm.

Bukidnon được coi như là lưu vực của các con sông ở Mindanao với 6 hệ thống sông chính là: Pulangi, Tagoloan, Cagayan, Manupali, Muleta và Bobonawan. Ccác con sông này tạo nên nhiều phong cảnh đẹp cho tỉnh với các hẻm núi.